А где создаётся два application? Application - это, по сути, компонент работающей системы, который живёт сам по себе. Application-у соответствует отдельное дерево супервизирования от самого корня.
Как правило, для работы системы требуется несколько Application-ов: логгер, http-сервер, бизнес-ядро, клиент БД...