Хороший вопрос, нужно тщательнее обдумать. Как вариант - конфиги уровня зависимостей просто лежат без конфигурирования, а конечный пакет соединяет все конфиги.
Нужно развивать эту тему, если будем склонятся от ухода плагина.
Как вариант, на первое время сделать 2 варианта
Уход от плагина равен уходу от композера, а уйдя от композера ты не сможешь построить иерархию зависимостей и соответсвенно правильно смержить конфиги.