Вставлю свои 5 копеек: разобраться в том, как работают конфиги, удалось не с первого раза. Когда ты их уже понимаешь, то очевидно, что система простая, гибкая и удобная. Но когда ты видишь ее впервые, она даже немного пугает, ИМХО. Этот момент может отталкивать тех, кто думает познакомиться с yii3.
Возможно, да, можно было бы добавить ещё 1 способ конфигурации приложения. Не такой простой и удобный, но более очевидный. Специально для тех, кто ставит фреймворк из zip))