Это если прокси включен, чтобы автоматом все добавляемые контейнеры оборачивались в прокси. Таким образом можно автоматом дебажить все модули и сервисы которые юзают композитный контейне вместе с родительским(глобальным). Так делается в модулях. Локальные зависимости в отдельном контейнерере, потом создаем композитный контейнер и добавляем в него глобальный и потом локальный. Таким образом локальные зависимости, которые зависят от глобальных, будут успешно разрешены.
Например в модуле есть свой нотифайер и он зависит от глобального MailerInterface, таким образом через композитный контейнер он его получает из локального.
А вообще надо убирать публичные модификаторы с методов контейнера set, setMultiple, addProvider и остальных, изменяющих контейнер. Если сильно надо менять контейнер после сборки, то это надо делать через специальный отдельный интерфейс.