Если какой-то пакет сделал себе конфиг допустим helloconfig, а потом я у себя в приложении сделал helloconfig - то я неявно подключу и конфиг того пакета.
Есть маркеры, которыми можно манипулировать "предыдущим" конфигом: затереть, удалить ключ и ещё что-то. Загляни в yiisoft/arrays. Надеюсь, там есть дока по ним :)