Вообще, по логике вещей ФАС должен был выдать предписание об отмене закупки, на Вашем месте я бы решал через них, либо он отменит закупку, либо выдаст предписание об изменении сроков действия контракта, что крайне малевероятно (невозможно я бы сказал).
+1, а протокол не будет отвечать требованиям, т.к. сроки соответсвуют документации. Если доверяете Заказчику, договаривайтесь на ДС. Это будет его ответственность за нарушение условий контракта. Если не доверяете, готовьтесь к неустойке при исполнении.