Не проще протокол разногласий направить и убрать ндс и сф из контракта? Они обязаны это сделать, если вы на усн
По 44-фз контракт заключается строго на условиях проекта из документации. Если в проекте был НДС, и вы откажетесь его подписывать из-за этого, могут признать уклонистами и даже внести в РНП. Есть прецеденты, устоявшие в судах. Поэтому совет такой - один раз можно попробовать протокол пульнуть, но если не не акцептуют, то не спорить дальше - подписывать и просто давать нулевую фактуру