Организации, применяющие УСН, не признаются налогоплательщиками НДС, за исключением НДС, подлежащего уплате в соответствии с настоящим Кодексом при ввозе товаров на территорию Российской Федерации и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией (включая суммы налога, подлежащие уплате при завершении действия таможенной процедуры свободной таможенной зоны на территории Особой экономической зоны в Калининградской области), а также НДС, уплачиваемого в соответствии со статьями 161 и 174.1 настоящего Кодекса.
Следовательно, у организации или индивидуального предпринимателя, применяющих УСН, нет обязанности выставлять счета-фактуры с выделением НДС и уплачивать его в бюджет.
Вместе с тем согласно части 5 статьи 168 НК РФ при реализации товаров (работ, услуг) налогоплательщиками, освобожденными в соответствии со статьей 145 настоящего Кодекса от исполнения обязанностей налогоплательщика, счета-фактуры составляются без выделения соответствующих сумм налога. При этом на указанных документах делается соответствующая надпись или ставится штамп "Без налога (НДС)".
Как указано в Определении Конституционного Суда Российской Федерации от 29.03.2016 N 460-О, лица, не являющиеся плательщиками НДС, имеют возможность выбора наиболее оптимального способа организации экономической деятельности и налогового планирования: они вправе либо сформировать цену товаров (работ, услуг) без учета НДС и, соответственно, без выделения этих сумм в выставляемых покупателю счетах-фактурах, что повышает ценовую конкурентоспособность соответствующих товаров (работ, услуг), либо выставить контрагенту по конкретным операциям по реализации товаров (работ, услуг) счета-фактуры с выделением суммы НДС, притом что эта сумма НДС подлежит уплате в бюджет (пункт 5 статьи 173 НК РФ).
Из буквального толкования вышеприведенных положений налогового законодательства следует, что налогоплательщики имеют право не составлять счета-фактуры в отношении операций по реализации товаров (работ, услуг), не подлежащих налогообложению (освобождаемых от налогообложения), в то же время запрета на составление счетов-фактур при осуществлении указанных операций нормами статьи 169 НК РФ не предусмотрено, поэтому применяется общее правило, по которому налогоплательщик обязан составить счет-фактуру, содержащую указание на слова "без НДС" (то есть по общему правилу счет-фактура является документом, который выставляется вне зависимости от применения налоговой льготы).
Таким образом, нормативные правовые акты не содержат запретов на выставление счетов-фактур без начисления суммы НДС организациями или предпринимателями, применяющими УСН. Как указано выше, счета-фактуры выставляются без выделения соответствующих сумм налога и в счете-фактуре делается соответствующая надпись или ставится штамп "Без налога (НДС)".
