исключать документы из контракта вы, кстати, не имеете права при заключении, т.к. это нарушит положения ч.1:
«контракт заключается на условиях, предусмотренных извещением об осуществлении закупки или приглашением принять участие в определении поставщика (подрядчика, исполнителя), документацией о закупке, заявкой, окончательным предложением участника закупки, с которым заключается контракт»
,п.1 ч.13 (порядок приемки, в который включен перечень документов отчетных - то есть и счет-фактура - является даже не просто условием, а существенным условием контракта)
статьи 34 , а также ч. 2 статьи 83.2:
«проект контракта, который составляется путем включения с использованием единой информационной системы в проект контракта, прилагаемый к документации или извещению о закупке, цены контракта (за исключением части 2.1 настоящей статьи), предложенной участником закупки, с которым заключается контракт, либо предложения о цене за право заключения контракта в случае, предусмотренном частью 23 статьи 68 настоящего Федерального закона, а также включения представленной в соответствии с настоящим Федеральным законом информации о товаре (товарном знаке и (или) конкретных показателях товара, стране происхождения товара), информации, предусмотренной пунктом 2 части 4 статьи 54.4, пунктом 7 части 9 статьи 83.1 настоящего Федерального закона, указанных в заявке, окончательном предложении участника электронной процедуры.»
- иные изменения, строго говоря, нельзя вносить в проект контракта при заключении.