Поставщик вам может сделать замечания только через протокол разногласий, по закону протокол разногласий может содержать: «При этом победитель электронной процедуры, с которым заключается контракт, указывает в протоколе разногласий замечания к положениям проекта контракта, не соответствующим документации и (или) извещению о закупке и своей заявке на участие в электронной процедуре, с указанием соответствующих положений данных документов.» как он вам укажет изменение цены позиции в спецификации, какое несоответствие документации или заявке он может указать а вы учесть? В данном случае Никакого. Оснований для самовольного изменения у вас тоже нет. Мое мнение - вы можете ему отказать, направите контракт со спецификацией из обоснования НМЦК, а он подпишет контракт. Но если вы хотите пойти ему на встречу, пойдите. Это только ваша ответственность, проверяющие вас органы тоже могут спросить по какой причине вы на какой-то товар увеличили цену, а на какой-то уменьшили, на стадии подписания. А может никто ничего не спросит и вы получите то что вам надо, а он поставит по той цене, которая нужна ему.