Похоже, Вам придется проводить экспертизу выполненных работ, пересчитывать смету с учетом падения по результатам торгов, если еще не сделали этого. После определения суммы невыполненных работ выставлять пени на эту сумму. Сумму, на которую работы выполнены, оплатите, в соответствии со ст.95 44-ФЗ расторгаете контракт в одностороннем порядке. У них будет 10 дней на окончательное исполнение. Если не доделают - ФАС, РНП