Как раз из-за этого все подключения к банкам запускаются в изолированной песочнице и не имеют доступа к обработке СМС. Подключение может только запросить ввести код, но сделать это пользователь должен сам. Подключение за него сделать это не сможет.
Ну вот про это хорошо было бы рассказать и написать где-то большими буквами. Этот вопрос кстати именно то, что пару моих знакомых остановили от использования зенмани, когда я им его рекомендовал.