Деньги на карте и деньги на вкладе технически это просто деньги на разных счетах. Правильнее ставить на карты лимиты и запрещать нетиповые операции (у меня есть карта для платежей в интернете, там строгий лимит и запрет на снятие наличных например)
Если карта используется для оплаты в интернете, то таки лучше на ней не держать вообще больших сумм, и это окромя лимитов. Существуют, например, такие методы списаний, как подписка, которые требуют авторизации платежа только раз, а потом могут списывать деньги регулярно без подтверждений со стороны владельца карты. Я уже не говорю о экзотических методах оплат, при которых есть возможность безусловного списания средств даже в несанкционированный овердрафт и даже с заблокированной карты - такой метод списаний действительно существует, у МПС они описаны, но нарваться на него крайне маловероятно.