Философия докера в том, что один контейнер - одно приложение, поэтому я не думаю, что это хоть сколько-нибудь популярное решение.
порой, мне кажется, данную философию сильно извращают
как пример:
https://hub.docker.com/r/byrnedo/alpine-curl/по сути, выбор стоит между:
1. остаться на флешке (порой доставляет некоторые неудобства, если нет под рукой usb-хаба, так как два порта и быстродействие по сравнению с диском оставляет желать лучшего изредка)
2. переехать на ssd второй системой
3. виртуальная машина (но накладные расходы на виртуализацию)
4. использовать порты