Насколько понимаю, нужно выполнять требования, если они не противоречат требованиям закона. Если закон говорит одно, а вышестоящий орган, договоры или даже регулятор другое, то закон первичен, а другие требования ничтожны.
В данном случае нужно выполнять требования минздрава, если они легитимны. Если по закону система входит в область ОКИИ, а минздрав говорит, что нет, то его требования исключить систему будут нелегитимны, тем более, что конечная ответственность все равно на организации.
Другой вопрос как это обосновать, как провести бумажки и т.д. Наверное будет все в конкретных случаях решаться, но, как минимум, организация может сделать запрос в тот же ФСТЭК с обоснвоанием своего видения и указанием на требования Минздрава. Возможно ответ ФСТЭК прояснит ситуацию
Закон говорит только, что субъект должен сам определить, что у него КИИ, в порядке, установленном ПП127. В этом смысле закон соблюден. В силу этих же норм ни субъект, ни вышестоящий не должны кому-то доказывать, что они правы.
Вся фишка ФЗ187, в отличие от нормативки по ГИСам, заключается в том, что субъект вправе поступать так, как ему заблагорассудится, под угрозой уголовного наказания, если защита все-же окажется недостаточной. Ему ничего не грозит даже ща игнорирование приказов ФСТЭК, если он действительно защищает свои стстемы, избегая инцидентов.