Скорее всего субъектом КИИ будет ФКУ "Информационный вычислительный центр Федеральной службы по надзору в сфере транспорта", а не сам ространснадзор
Субъектами могут быть и служба и указанный ФКУ, только ФКУ может быть подведомственным, так сказать, субъектом, который должен, например, согласовывать Перечень с Ространснадзором. Отдельный момент в том, что если они оба - субъекты, то они уже должны были соотвествующие перечни, как минимум, подать.