А достаточно ли полномочий у фстэк для этого? Перечень видов деятельности, подлежащих лицензированию не приказами фстэк задается
Вполне. ФСТЭК считает разработку модели угроз частью работ по "проектированию в защищённом исполнении средств и систем информатизации", а это - вид ТЗКИ.
Другое дело, что надзору ФСТЭК до лампочки, кто именно модель писал, спрашивать все равно с субъекта будут.