Ещё раз. Подлежат все. Когда вы посмотрели на 1С и решили, что она не участвует в критических процессах, вы её уже категорировали как незначимую. Ваш процесс категорирования объекта КИИ "ИС на базе 1С:Предприятие" закончился ещё до включения в перечень принятием решения об отсутствии необходимости присваивать ей категорию.
Так понятно?
Ну путают люди "ОКИИ", " ОКИИ, подлежащие категорированию" и "незначимые ОКИИ"
Проблема в том, что как категорировать системы, не участвующих в критических процессов, не прописано.
Возможно их стоит автоматом относить к ОКИИ, которым не присвоена категория значимости, а может прогнать по процедуре для подлежащих категорированию систем.