Насколько я вник, большинтво рекомендаций из этого топ 20 относится к конфигурироварию плк и к самой структуре программы. Каким образом автоматизированно это проверять? Как правильно здесь заметили, это может быть внедрено только в состав самой среды разработки. Чтоб при компиляции, к примеру, говорилось: этот порт не используется, отключите его. Что касается самого кода, то тут наверное страшнее всего рукотворная закладка, а ее, не зная техпроцесса, просто так не выявишь.