Вообщем панель управления ISPmanager, второй раз сталкиваюсь уже с такой проблемой (первый раз было непринципиально, так и не решил). Создаю поддоменную папку и только после этого лезу в "Автоподдомены" и ставлю "в отдельной директории" , как итог поддомен созданный до установления этого параметра не работает. Если его удалить и создать снова, также не работает. Все другие после установления параметра работают. Может нужно что-то сбросить, чтобы изначальный поддомен заработал, хз.