тут ключевая штука - ускорить само копирование файлов. чтобы максимально атомарно заменились все файлы одновременно.
для этого мы и делаем анзип на временный быстрый диск, потом отедльно скрипты, потом отдельно картинки, и только потом, за один "вжик" обновляется папка "bin" - прогой robocopy (встроена в винду)
А в винде (ну или в виндовых программах, я не знаток совершенно) магия симлинков не работает? У меня был похожий кейс, но под линухой. там все решалось достаточно просто - нагрузка запускалась из директории, которая симлинк на настоящую директорию. Изменение симлинка - атомарная операция, т.к. это фактически единственная запись, а не куча файлов. Ну и кладем рядом, когда надо - меняем симлинк и все, у нас новая версия в условном "current"