Честно говоря не понятно. Я имею ввиду какими средствами делать перенос? И что конкретно проверять? Что перенос закончился успешно?
И по идее, как я понял, речь идёт не столько о бекапе а-ля backup.sql, а о слейве mysql сервера, куда отправляются бекапы с мастера?
Переносишь как хочешь - хоть по ссх, хоть, как я уже упоминал, через сетевую шару.
Если совсем по-правильному, то да, бэкапы делаются со слейва, чтобы не аффектить мастер. Но как я понял, в твоём случае это пока что не актуально