не может (вернее может, но только если атлас в css формате), и texture packer не может. сам озадачился прям недавно подобным. ничего не нашёл для решения проблемы. Пришлось разбирать спрайтшит в фазере и сохранять отдельные спрайты. в принципе 10 строчек кода. из pixi я думаю не сложнее будет...
Я сделал такую штуку. Открываем браузер, перетаскиваем нужные файлы (картинку спрайтлист и json) в окно браузера, нажимаем кнопку и получаем архив с разделёнными спрайтами. С учетом тримов, ротейтов и так далее.