Лучше чем руками, никакой генератор не сделает. Я руками оборачиваю с помощью graphql-compose с описанием дополнительных связей между entity, с queryCost и прочими плюшками. В любом случае все наверное закончится у вас гибридным подходом. Часть генерите, часть руками дозавязываете.
Я на эту тему доклад делал, можете посмотреть, возможно подчерпнуете какие-нибудь идеи
https://youtu.be/CA_ZVf5lbWI