Во всех можно придумать подобные вопросы. Веб развивался стихийно, поэтому многие вещи делаются не как удобно, а как получилось.
Фреймворк может прятать какие-то из этих проблем обнажая другие.
Если бы был какой-то замечательный фреймворк который все проблемы прячет, его бы уже все все все использовали.
Другое дело что проблемы которые фреймворк решает хуже или лучше могут быть актуальны для твоего проекта, а могут - нет.