Имея практический опыт - я не вижу никакого противоречия между "циклом разработки в дни/недели" и современным JEE. JEE 7 (и даже 6) - это совсем не J2EE 15-летней давности, где на один сервис надо было написать 5 файлов и XML конфиг впридачу. Мы используем в основном WildFly/RedHat EAP (иногда WebLogic или GlassFish), Spring Boot по факту представляет из себя задекорированный до неузнаваемости Tomcat - велика ли разница? Время старта у них одинаковое, а полезных возможностей, предоставляемых контейнером из коробки значительно больше. Впрочем наверное в данном чате это оффтопик.
*несколько исправлений:
1. Сервлет-контейнер может быть любой, из коробки один из undertow, jetty, tomcat
2. Пул может быть любой — из коробки поддерживается hikari, tomcat-dbcp, c3p0
3. TX Manager может быть любой, из коробки поддерживается встроенный спринговый, narayana, bitronix, atomikos
4. В буте есть концепция стартеров. Wildfly swarm даже близко пока по количеству стартеров не догнал. И не догонит потому что комьюнити нет такого размера