можно в коде настроить порты, там это гибче https://ktor.io/servers/configuration.html#multiple-connectors, и потом в роутинге "перемапить" хосты и порты. не уверен что это правильный вариант, но я другого не нашел когда стояла задача сделать ssl на нескольких портах и для разных доменов