Любопытный факт, что станция "Шах Исмаил Хатаи" является, по сути, самой первой станцией Бакинского метрополитена, ведь именно с неё началось строительство подземки азербайджанской столицы в августе 1951 года. Это, несомненно и отобразилось в её облике. До реконструкции проведённой в 2017 году, в конструкции и художественном оформлении просматривались элементы сталинской и так называемой "обдирной" архитектуры.
В 1953 году строительство Бакинского метро было заморожено, в конструкциях станция была практически готова. К этому моменту также были построены несколько сот тоннелей на восток в направлении станции "Низами парк", которые не используются и по сей день. В перспективе планируется продление линии дальше в направлении станции "Ази Асланов" (с сооружением трёх промежуточных станций: "Аг Шехер", "Азернефтяг" и "Нобель проспекти"). Тогда эти тоннели, сооружённые ещё в 1951-1953 гг. наконец будут задействованы. Планируется также возобновить строительство перегонных тоннелей на участке "Джафар Джаббарлы" - "Низами Гянджеви", и после продления линии до "Ази Асланов" станция станет промежуточной на зелёной линии
Существует версия почему для пассажирской эксплуатации используется только II путь станции. Как уже было сказано выше, станция была сооружена в сложных геологических условиях, в связи с чем в тоннеле по I пути появились критические деформации и просадки, в результате чего было принято решение отказаться от эксплуатации этого тоннеля для пассажирского движения (по I пути даже был демонтирован контактный рельс), для хозяйственных единиц путь иногда используется.
В конце 1980-х годов началась реконструкция станции, но в начале 90-х годов из-за начавшегося затяжного экономического кризиса работы были приостановлены. К этому моменту успели смонтировать лишь новый гидроизоляционный зонт. Также, в это время станция поменяла своё название и в 1990 году в её торце была установлена композиция посвящённая полководцу Шах Исмаилу Хатаи. Станция так и осталась с одним путём и челночным движением поездов.
В 2014 году на станции вновь началась реконструкция, завершившаяся 6 мая 2017 года. В ходе реконструкции станция полностью изменила свой облик.