Диллема, что быстрее: руками растащить в люстре по артбордам или уже в индюка кидать...ладно, пошёл воевать. Интересно, а в Аффинити дизайнере эту проблему решили?
Если убрать при экспорте Preverse Illustrator Editing Capabilities и оставить Create … from Top-Level Layers, то будет экспортирован только видимый слой
Третий: раскидывать по артбордам. Сделать это проще всего, следубщим хинтом: ctrl/cmd + shift + v (пэйст в точное место) работает в точное место на выделенном артборде.