Из кодовой базы, на основе которой формировался релиз FreeBSD 13, был со скандалом удалён код с реализацией протокола VPN WireGuard, разработанной по заказу компании Netgate без консультаций с разработчиками оригинального WireGuard, и уже включённой в стабильные выпуски дистрибутива pfSense. После проверки кода Джейсоном Доненфилдом (Jason A. Donenfeld), автором оригинального WireGuard, выяснилось, что предложенная для FreeBSD реализация WireGuard представляла собой образец низкосортного кода, изобилующего переполнениями буфера и нарушающего лицензию GPL.