Осталось написать крон-скрипт, который раз в 5-10 минут сгребает все пры с гитхаба или что там у вас, и автоматически закрывает их, если сорс-бранч не тот. Потому что всем всё равно будет впадлу такими скриптами пользоваться, если они административное не удосуживаются соблюдать.
есть более интересный факт - подход с сабтри - это встраивание кода другой репы в свою репу, и поэтому изменения, по идее, могут обратно и не уходить. шансы на конфликты в будущем это конечно увеличит, но с другой стороны станет лакмусовой бумажкой - "пора пожалуй запилить бэкпорт во фронтенд, чтобы это наконец закончилось". так что на этот счет я не переживаю даже