Граф задаётся либо списком рёбер,либо матрицей смежности.
Фрейм необходимых вершин вы можете создать с помощью filter из dplyr.

Привет) Задавал вопросы выше по теории графов, теперь вот перешел к практике))
У меня есть несколько млн вершин и большое кол-во связей между ними.
Хочется мне взять определенные вершины и построить от них всю цепочку связей, которые существуют.
Соответственно фрейм данных с вершинами я могу легко создать. Но как мне создать соответствующий фрейм данных для ребер? Вручную то отфильтровать ненужные связи я не могу, так не знаю их) Строю с помощью igraph. Подскажете, пжл, функцию, которая автоматом создаст фрейм с ребрами из фрейма вершин и признака, по которым эти ребра должны строиться?

Для направленного ациклического графа может попробовать  igraph::subcomponent()

Привет) Задавал вопросы выше по теории графов, теперь вот перешел к практике))
У меня есть несколько млн вершин и большое кол-во связей между ними.
Хочется мне взять определенные вершины и построить от них всю цепочку связей, которые существуют.
Соответственно фрейм данных с вершинами я могу легко создать. Но как мне создать соответствующий фрейм данных для ребер? Вручную то отфильтровать ненужные связи я не могу, так не знаю их) Строю с помощью igraph. Подскажете, пжл, функцию, которая автоматом создаст фрейм с ребрами из фрейма вершин и признака, по которым эти ребра должны строиться?

А что за признак-то? Без этого непонятна задача

ip адреса, например

Так как именно они должны строиться? Полагаю, вопрос же именно в том, как это закодить

да, как закодить. Есть уникальные id людей. Есть список их ip (от одного и больше). И нужен скрипт, в который кладешь нужный id, а он строит сеть по признаку ip.

То есть просто cooccurrence matrix?

Хотелось бы ответит да, но я не знаю что такое cooccurrence matrix)) Поэтому наверное я все же слишком рано пошел спрашивать, не доучив теорию)

Да не, в самый раз) вот, например: https://planspace.org/2013/01/30/visualize-co_occurrence/

Эхх, англиский он такой английский)) Но спасибо, ща посмотрю)

можно и на русском найти, наверное. Суть вот в чем:
нужно создать матрицу, где по строкам айди, а по столбцам айпи
переменожить матрицу на транспонированную по правилам линейной алгебры
вот и получилась матрица смежности: каждая клетка матрица - сумма совместных пересечений
Причем, можно как создать сеть с вершинами id, так и сеть с вершинами ip
A <- matrix(c(1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0 , 1, 0 , 1), nrow = 3, dimnames = list(letters[1:3], c("one", "two", "three", "four")))
A
t(A) %*% A
A %*% t(A)

можно и на русском найти, наверное. Суть вот в чем:
нужно создать матрицу, где по строкам айди, а по столбцам айпи
переменожить матрицу на транспонированную по правилам линейной алгебры
вот и получилась матрица смежности: каждая клетка матрица - сумма совместных пересечений
Причем, можно как создать сеть с вершинами id, так и сеть с вершинами ip
A <- matrix(c(1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0 , 1, 0 , 1), nrow = 3, dimnames = list(letters[1:3], c("one", "two", "three", "four")))
A
t(A) %*% A
A %*% t(A)

Кстати, уже как то спрашивал, но никто не подсказал. Нет какой то горячей клавиши для матричного умножения?) Гуглил, не нашел)