На выходе kmeans уже есть вектор... его нужно только использовать.
Попробуйте поиграть с примером:
library(patchwork)
library(ggplot2)
res <- kmeans(iris[1:4], 3, nstart = 10)
iris_alt <- cbind(clust = res$cluster, iris)
p1 <- ggplot(iris_alt, aes(Sepal.Length, Sepal.Width, col = as.factor(clust))) +
geom_point()
p2 <- ggplot(iris_alt, aes(Sepal.Length, Sepal.Width, col = as.factor(Species))) +
geom_point()
# Сравниваем оригинальную классификацию и новоявленную
p1 / p2