Мне хватает более чем))

было какое-то расширение, можно было в одной тетрадке исполнять и тот и другой код и передавать какие-то объекты даже туда сюда

rpy2, вспомнил

r2py, не? Это просто библиотека питонячья для вызова Р внутри питона

rpy2 is an interface to R running embedded in a Python process.
он вроде только с ipython работает, но имхо оч удобно, я например питонщик изначально, но вот сейчас такие задачи есть, что без R никак, и мне будет удобно находясь в своем комфортном языке вызывать какие-то штуки из R.

Я уж скорее на vscode... и R, и питон, и jupyter ноутбуки - все в одном флаконе

Плюсану, но его напильником иногда дорабатывать надо))

А мне бы наоборот, для nlp. Качественный сетевой анализ можно сделать в R

Ну не напильником, а расширениями) Но результат обычно того стоит

На самом деле все эти h0, h1, и они ведут к p-value. А p-value - они немножко в опале сейчас) используйте доверительные интервалы, и вопросов про нулевую гипотезу не будет)

А если я использую критерий согласия, то что делать? Как оттуда извлечь дов. интервал?

Согласия чего с чем?

Скорее всего, там внутри все равно зашита какая-то величина, которую сравнивают с нулем. Значит может быть и доверительный интервал

H0: F(X) = F0(X)

Такого рода критерий согласия

Ну Колмогоров-Смирнов из этой же оперы

проблема не в S4, а в subset

В целом, это пример кода как нельзя делать. Видно, что писали не разработчики.
Марина, к Вам вопросов вроде как нет, выглядите как жертва.

Раскладываю по полочкам.
1. subset использует NSE, причем достаточно криво, ибо subset рассчитан был исключительно на интерактивное применение.
2. для программного использования был придумал tidyselect & rlang
3. поскольку тут целая экосистема, написанная подобным образом, то тратить время на разбор идеологически кривого кода нет ни малейшего смысла. подойдет любой паллиатив, включая лом.
4. Лезть в движок NSE не понимаю его основ и глубин — категорически запрещено. Использовать отлаженные решения - ДА, мастерить самому — НЕТ.

Вот такая грубая конструкция работает так, как изначально хотелось:

library(phyloseq)
library(dplyr)

dfr <- data.frame(group = c("A", "A", "B", "A", "B"), value = 1:5)
conditions <- list(quote(group == "A" & value < 3), 
                   quote(group == "A"), 
                   quote(group == "B"))

OTU <- otu_table(matrix(1:20, ncol = 4), taxa_are_rows = TRUE)
samples <- sample_data(dfr)
mb <- phyloseq(OTU, samples)

lapply(conditions, function(x){eval(parse(text = paste0("subset_samples(mb, ", deparse(x),")")))})

По-хорошему, за такой код в продуктиве отрывают руки или голову. Зависит от размера катастрофы.

Кому интересно понять, почему subset является страшным косяком — можете почитать литературу:
- Why base::subset is bad?
 - [Is R base::subset() really that bad?](https://win-vector.com/2018/02/23/is-r-basesubset-really-that-bad/)
 - [Why is [ better than subset?](https://stackoverflow.com/questions/9860090/why-is-better-than-subset).
 - [Non-standard evaluation](http://adv-r.had.co.nz/Computing-on-the-language.html). Читаем тут ссылку про проблемы subset в п. [Calling from another function]

дак subset только как резалка базы, а дальше все руками. в таком виде он прекрасно работает.

предлагаю прочесть все от начала до конца, особенно мнение мэтров.
в нормальном коде subset категорически запрещен к использованию.