Толком-то они ничем не отличаются, но изоморфными быть не могут, посколько категория сообщений (вообще, она вдохновлена ф-ми яп) показывает преобразование данных, а категорий зависимостей - какой сервис от какого зависит. То есть обратно её отобразить скорее всего уже получится.
Так как в категории сообщений считается, что сервисы преобразуют данные и не хранят состояние, то никак. В категории зависимостей же вообще ничего не декларируется, кроме того, что один сервис нуждается в другом для работы, а значит, спокойно можно указать, что несколько зависят от некоторого гаранта.
Этот пример, как раз показывает, что категории не изоморфны.