В конце XIX века многие страны мира охватила, так называемая, третья пандемия чумы. И, уже несколько лет пустующий, форт «Александр 1» оказался идеальным кандидатом на размещение в своих стенах первой в России противочумной лаборатории. Бывшее военное укрепление передали институту экспериментальной медицины, который в свою очередь разместил там станцию по производству противочумной вакцины и иммунной сыворотки с использованием лошадей в качестве рабочего материала. Для связи с внешним миром учёным форта был выделен маленький пароход под названием «Микроб», зимой сообщение происходило на санях по льду залива.
Само убранство форта тоже было реорганизовано. На первом этаже расположилась конюшня на 20 лошадей, две кремационные печи, паровой стерилизатор. На втором этаже форта – основные лаборатории, а на третьем – склады и жилые помещения.
Работа с возбудителем чумы, заражение и последующие вскрытия животных производились с особыми для того времени предосторожностями. Врачи работали в брюках и халатах из тонкой прорезиненной материи и калоши, на голову – холщовый колпак; по окончанию работ все стерилизовалось в карболовой кислоте. Доступ на форт был крайне ограничен, ни один человек, не принадлежащий к штату служащих, не имел права оставаться после захода солнца на форте. Все же несмотря на строгий контроль, на территории лаборатории было две вспышки чумы, унесших жизни 2 врачей. Именно с этих времен за фортом закрепилось второе название – Чумной.
После революции укрепление снова перешло в руки военных, которые создали там склад минно-трального оборудования, однако уже к началу 80-х году крепость была заброшена. Примерно тогда же во время съёмок фильма «Порох» в результате нужного по сюжету пожара форт основательно выгорел, а уже в 90-е власти кронштадта неоднократно сдавали территорию форта под рейвы и дискотеки.
