MS
и побластуй их
Size: a a a
2021 February 22
PD
Maria Log
а что там с частотами нуклеотидов? а то может, у вас РНК подразваленная и всё, что вы секвенируете - это полиА-хвост (и тогда мономорфная матрица будет гасить качество).
PD
и побластуй их
И?
MS
посмотри что там вообще в ридах и как мэпятся - с ошибками или без
PD
посмотри что там вообще в ридах и как мэпятся - с ошибками или без
Если с ошибками, то что это значит? Если без ошибок, то что это значит?
MS
ну ты поймешь, насколько плохо действительно твое качество
ML
А повышен. Не помню, как там с цепями в 10х, но может, это действительно полиА-хвост?
PD
Maria Log
А повышен. Не помню, как там с цепями в 10х, но может, это действительно полиА-хвост?
Библиотека там такая. Оранжевая вставка -- это собственно кДНК. Хм, может, и да, может, это хвост, а вставки нету(
ML
Библиотека там такая. Оранжевая вставка -- это собственно кДНК. Хм, может, и да, может, это хвост, а вставки нету(
у меня была как-то такая красота:
ML
чистенько - вообще ничего, кроме адаптера и полиА-хвоста :)
PD
Maria Log
чистенько - вообще ничего, кроме адаптера и полиА-хвоста :)
хм, а откуда бы в 10Х протоколе взяться подразваленной РНК, если там клетки лизируются прямо во время обратной транскрипции?
ML
хм, а откуда бы в 10Х протоколе взяться подразваленной РНК, если там клетки лизируются прямо во время обратной транскрипции?
может, ткань с высоким содержанием РНКаз (вот поджелудочная железа, например - врагу не пожелаешь делать транскриптомику), может, работали не совсем чисто
PD
Maria Log
может, ткань с высоким содержанием РНКаз (вот поджелудочная железа, например - врагу не пожелаешь делать транскриптомику), может, работали не совсем чисто
а что нечистого в работе может загубить РНК внутри интактных клеток?
ML
а что нечистого в работе может загубить РНК внутри интактных клеток?
А предположение насчет интактности проверяли? Вот что сами десятьиксовцы пишут: "Ideally, input cell suspensions should contain more than 90% viable cells. Non-viable and dying cells
generally contain less and more fragmented RNA that may not be efficiently captured by 10x Genomics
Single Cell Solutions"
generally contain less and more fragmented RNA that may not be efficiently captured by 10x Genomics
Single Cell Solutions"
ML
но конечно, в это стоит вглядываться только если выяснится, что проблема действительно в полиА-хвостах - а может, и нет
ML
Михаил прав, посмотрите на несколько случайно выбранных ридов, будет понятно
PD
Maria Log
А предположение насчет интактности проверяли? Вот что сами десятьиксовцы пишут: "Ideally, input cell suspensions should contain more than 90% viable cells. Non-viable and dying cells
generally contain less and more fragmented RNA that may not be efficiently captured by 10x Genomics
Single Cell Solutions"
generally contain less and more fragmented RNA that may not be efficiently captured by 10x Genomics
Single Cell Solutions"
хм, ну да, под микроскопом с 0.4% trypan blue считали... эээ виабильность это по-русски будет?
DK
хм, ну да, под микроскопом с 0.4% trypan blue считали... эээ виабильность это по-русски будет?
жизнеспособность?
MS
что-то без цифр обсуждение странное. Какое было среднее качество до этого? Процент мэппинга, куда мэппится -- в RNAseq любом можно статистику получить
ML
Жизнеспособность, да. Я не говорю, что дело обязательно в этом, но может быть как вариант.