AD
Тут образцы свежие будут. Подозреваю, что раз из FFPE можно, то просто отмыть от формалина и в тризол.
Size: a a a
2021 October 24
O
Свежие - это же не просто в формалин обмакнули. Я бы посмотрел, чем сшивки удаляют. Их можно убрать, собственно в Hi-C так примерно и делают. И дополнительные этапы с восстановлением тоже бы добавил.
IF
С геномкой проблем не будет, кстати, можно расшить на 65 на ночь. С РНК не знаю
AD
Не просто, конечно. Сколько они томятся в формалине, уточню.
Знаю, что хлорид аммония убирает свободные группы, но не сшивки.
Про HiC спасибо, гляну!
Знаю, что хлорид аммония убирает свободные группы, но не сшивки.
Про HiC спасибо, гляну!
AD
Спасибо!
IF
В хайси расшивают на 65 градусов на ночь, с протеиназой К. В чипе то же самое, кстати
AD
За ночь на 65 РНК умрет. А в тризоле сшивки не разрушатся?
IF
В тризоле никогда не слышал про такое. Но РНКи в клетках дофига, может, там и просто все тупо получится, если не слишком сильно формальдегидом зашито...
KS
Ну все начиная с assistant professor.
Статистику не знаю, раньше было легче- коллеги получали assistant professor сразу после Phd, но это было лет 10 назад. Сейчас все сложно, но по прежнему возможно.
Статистику не знаю, раньше было легче- коллеги получали assistant professor сразу после Phd, но это было лет 10 назад. Сейчас все сложно, но по прежнему возможно.
IF
Часть образца расшить, часть в тризол
AD
Ну, я буду пробовать. Я думаю, что с РНК можно просто протеиназой К+совсем немного на 65.
IF
Да, может, протеиназа РНКазвы съест, и быстренько если, то не порушится... Но, может, и вообще для РНК ничего делать не надо. Сшивает формальдегид не супер эффективно с НК, больше белки с белками
AD
Да, это я понимаю. Хотя с другой стороны, когда ChIP делают, стандартной фиксации параформом хватает.
Да, распишу тестовый эксп и попробую разные способы. Спасибо!
Да, распишу тестовый эксп и попробую разные способы. Спасибо!
IF
В смысле, стандартной фиксации хватает? Формальдегидом сшивают, да, и потом расшивают на 65
AD
Да, сорри, слегка заговорилась) Задумалась о том, что РНК тоже может неплохо сшиться, так что без расшивания не выйдет, просто написала половину.
IF
А, посмотрите протоколы sprite, они там сшивают, и на РНК тоже смотрят
AD
Спасибо большое!
ДИ
Надо устроить статистический опрос!)))
Это реально интересно)
Это реально интересно)
ДИ
Вы родились в:
Анонимный опрос
Проголосовало: 105EZ