Зачем нужны скрипты? Решать задачу быстро, с возможной перспективой выкинуть. Ну или запустить еще раз для решения очень подобной задачи. Отсюда следует: выбор JS обоснован оптимизацией времени решения задачи, а не времени выполнения кода.
Ну и еще одно, да: JS вкупе с V8 и расширениями типа WebGL и WebGPU может быть довольно эффективным, потому что в таком случае он просто дергает нативный код.
Ну прототип и оптимизация стоят несколько порознь: у прототипа задача быть простым и быстрым способом подтвердить работоспособность. Оптимизация: улучшаем уже готовое решение, и в оптимизацию может входить и смена стека.
Да и чего такое :) Вполне себе ок. Внутри V8 код превращается в нативный, если на JS писать с учетом знания как оно работает внутри - будет вполне эффективно, не хуже дотнета