как к моделе с импортироваными материалами применить шейдер?
Можно разместить на сцене и подменить материалы на свои, но это муторно. Можно нажать кнопку Extract Materials на вкладке материалов в инспекторе модели, тогда будут созданы копии содержащихся в файле модели материалов и станут доступны для редактирования, в т.ч. для замены шейдера