поменять архитектуру, чтобы это было не критично? Сложно сказать зачем OnDestroy вызывать самым последним, не зная архитектуры
Поменяю, если нет решения. В Сервисах есть статичные поля, которые указывают на созданные экземпляры классов, их надо уничтожить при выгрузке сцены чтобы не висели в памяти, но после того как отработают все OnDisable проекта.