Общий срок исковой давности 3 года. Для взыскания неустойки отдельного срока нет.
А принятые работы без замечаний, означает отсутствие претензий, какая здесь может быть неустойка, так же как и соглашение по обоюдке, там обычно указывается что претензий друг к другу не имеем.