Вы должны составить акт осмотра объекта, в котором зафиксировать что сделано, а что нет, направить претензии, завести переписку, на основании этого сделать отметку в предоставленных актах, что объем не исполнен...
Если объем замечаний большой, делать мотивированный отказ в приёмке, с указанием всех недостатков.