У нас в документации и проекте контракта прописывается фраза: В случае если победитель не является плательщиком НДС (в том числе находится на упрощенной системе налогообложения), расчеты за выполненные работы производятся с учетом коэффициента пересчета, рассчитанного как отношение цены контракта, предложенной победителем, к начальной (максимальной) цене контракта, сформированной заказчиком, без учета суммы НДС.
Соответственно, когда направляем проект контракта победителю, под ценой контракта указываем этот коэффициент пересчёта, а смету саму оставляем неизменной. В кс-2 уже будут отличные от сметы расценки.