Давайте поясню, что такое "ответственность" и что такое "на основании" :)
Единственная ответственность, которая предусмотрена в КИИ - уголовная. Никакой другой не предусмотрено :) Уголовная ответственность наступает в случае нарушения правил эксплуатации значимого объекта КИИ.
Правила эксплуатации, нарушение которых может привести к инциденту, устанавливаются в ходе создания и эксплуатации системы. Кто этим занимается, устанавливается в концессионном соглашении. Точный текст соглашения нам неизвестен, но согласно опубликованному распоряжению правительства при заключении этого договора все обязанности по созданию и эксплуатации системы должны быть возложены на концессионера. Т.е. он сам себе правила устанавливать может, нарушить их может и понести ответственность за их нарушение - тоже может. Основанием для ответственности будет статья УК РФ.
А вот устанавливать правила, которые обязан исполнять федеральный орган власти, коммерческая компания не может. Поэтому какое бы нарушение ни привело к инциденту, Росавтодор не будет нарушителем каких-либо правил эксплуатации значимого объекта, а значит не несет уголовную ответственность за этот инцидент. А другой ответственности нет.
Это конкретный пример, когда собственник значимого объекта КИИ не отвечает за инциденты с ним.
Поэтому утверждение "собственник будет отвечать, потому что он собственник" - неправда. В некоторых случаях - да, будет. Но это нужно смотреть отдельно в каждом случае.
Исходя из Вашей логики, любой Субьект КИИ выполняет меры защиты из 239, а в документах пишет , что все они (меры) не являются инциднтами при нарушении доступности целостности конфеденциальности и точка. Нет инцидента, нет нарушения экплуатации, нет ответсвенности. Сами то верите в то что пишете?