Могу ошибаться. Мой Asterisk ругался на AGI под root, пока не запустил от пользователя. И после в сети находил заметки, что agi не любит root. Если работает, то хорошо (хотя работать под root нехорошо).
у вас астериск был запущен из под asterisk видимо, в этом случае он не будет запускать скрипты из под root. А на вторую часть вопроса я не будут отвечать, боюсь нарваться на холливор