Возможно, из-за того, например, что имели в виду кофе-напиток и кофе-зерно соответственно.
Да нет, тогда ещё так не заморачивались. И правило это недавно придумали, в СССР уже. Ну и вообще странное правило. Пиво, вино, какао - тоже "напиток", но "оно". С чего тогда на кофе это должно работать? Ну и на "о" и "е" в принципе оканчиваются существительные среднего рода