Да нет, тогда ещё так не заморачивались. И правило это недавно придумали, в СССР уже. Ну и вообще странное правило. Пиво, вино, какао - тоже "напиток", но "оно". С чего тогда на кофе это должно работать? Ну и на "о" и "е" в принципе оканчиваются существительные среднего рода
Сколь помню тут не логика работает а привычки. Привык народ "кофе" считать "оно", так и запишут филологи.
Перепривыкнет по другому, правила и такие напишут.