При apt update часть репозиториев могут не обновиться, например, из-за протухших gpg-ключей или выключенных серверов. Поэтому вместо && я бы лучше писал ;
вопрос очень широкий. Вы хотите следить за изменениями в ФС, в конфигах, отслеживать события логина, запуска, чтобы засечь возможный взлом/несанкционированный доступ? Тогда, возможно, вам к системам типа OSSEC, wazuh и прочему SIEM.
Мониторинг capabilities софта, AppArmor, osquery ну и мониторинг за самими репами должен решить проблемы. Ну и вишенка на торте - пакеты ставить не напрямую из внешних реп, а синкать их в свою, заодно проверяя хэши и подписывать пакеты.
Это типа уже ближе к FIM Что есть файл интегрити мониторинг И вообще это больше про мониторинг А проверка апдейтов например в планировщик задач ставится и если надо репортится