Можно генерить схему в рантайме из инструментов из коробки , а идентифицировать по сессии или хешу и процессить как обычно*
*Подставлять схему, квери и вары с клиента в gql server и процессить
Видел на скале пример где-то
https://github.com/marioosh/graphql-akka-http/blob/master/src/main/scala/GraphQLServer.scala> SchemaDef.ShopSchema
Свою схему в рантайме засовывать
Я думаю в Apollo server так же можно схему подставлять запросто, не проверял, или просто инстансы с ними хот свитчить